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奇跡をかなえる「聖杯」の力を追い求め、7人の魔術師が7人の英霊を召喚し、最後の1人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇。その「聖杯戦争」の開幕を前にして、各地で参加者たちの選別が始まっていた。

アインツベルンの森の中で、切嗣と娘のイリヤスフィールが戯れている。その微笑ましい様子を城から見つめていたセイバーは、召喚された時から一度も口を利こうとしない切嗣の人柄を理解できずにいた。

遠坂邸に侵入したアサシンはアーチャーの猛攻により絶命し、このことが使い魔を通じて各魔術師たちにも知れ渡る。また、英霊を失ったアサシンの魔術師・言峰綺礼は、戦いから離脱するため聖堂教会を訪れた。

セイバーは倉庫街でランサーと対峙し、両者の緊張が高まるなか、闘いが始まる。英霊同士の戦いを初めて見たアイリスフィールは、その壮絶さに圧倒される。切嗣と舞弥は戦闘を見張りつつ敵マスターの動きを探るが…。

対峙するセイバーとランサーの前に姿を現すライダー。突然現れた介入者により決闘を邪魔されたセイバーは憤りを覚えていた。そんなことはつゆ知らず、ライダーは闇に紛れて戦いを監視する者たちへ呼びかける。

冬木市山中、月明かりが照らす道路を1台の車が行く。意気揚々と運転するのはアイリスフィールで、その運転にセイバーが少々引きつっていた。そんなドライブ中の2人の前に、突如として怪しい人影が現れる。

聖杯戦争は重大な危機に見舞われていた。璃正は冬木教会に集まった使い魔たちを前にして、連続誘拐および殺人事件の下手人である雨生龍之介とそのサーヴァントであるキャスターを討ち取ろうと動く。

アインツベルン城の各所で攻防が繰り広げられ、魔力を込めた水銀を操るケイネスに対し、切嗣は銃火器で応戦する。ランサーと共闘するセイバーは、キャスターと彼に召喚された怪魔を全滅させるべく立ち向かう。

切嗣たちの拠点で行われた攻防が収束を迎えた。ランサーに救助されたケイネスは、目覚めると寝台に寝かされていたことに気づく。彼は許嫁のソラウから、自分の置かれた絶望的状況と、ある提案を聞かされる。

冬木市で起きた連続殺人事件の犯人はいまだ見つからず、毎日のように子供がさらわれ続けていた。そんななか、時臣の娘・凛は、連絡が取れなくなった友人・コトネを捜すため1人で夜の街へ出ていくが…。

切嗣の留守中に、彼らの拠点にライダーが乗り込んできた。正面から堂々とやってきたライダーを警戒するセイバー。しかしライダーは「王と呼ばれる者同士、一献交えよう」と言い、その場にアーチャーも現れる。

冬木市のホテルにひとり潜んで各陣営の動向を追い続けていた切嗣は、自分を追っていると思しき綺礼の動機がわからず、いら立ちを募らせる。一方、アイリとセイバーは、拠点を市内の屋敷に移していた。

ライダーを連れて町に出たウェイバー。書店に入ると彼はライダーの一生が書かれた伝記を手に取り、ライダーが東の果てを目指した理由を知る。一方、キャスターと龍之介は、破壊され尽くした工房に戻っていた。

巨大な海魔をキャスターが召喚。新たな魔力源を得る前に排除しなければ、聖杯戦争の破綻どころか世界が危機に瀕してしまう。ライダーの呼びかけにより、セイバー、ランサーら3人の英霊たちが共闘することになった。

キャスターが召喚した悪しき海魔と英霊たちが戦うその裏で、命を懸ける男がもう1人いた。その男、間桐雁夜は、遠坂葵や間桐桜の悲しみを生み出す原因になった「魔術」そのものに対する憎悪を遠坂時臣にぶつける。

キャスター討伐の褒賞として令呪を得ることに成功したケイネス。これにより、再び聖杯戦争への復帰がかなうと思われたのも束の間、何者かによってソラウを人質に取られたことを知ってランサーを激しく罵倒する。

脱落者が増え、大きな進展を見せる聖杯戦争。頂点を極める緊張感は、残る者たちに胸中を見直させる。家族への遺言を残す者、秘密裏に接触を謀る者がいるなか、セイバーたちは意外な人物からの申し出を受ける。

小さな南の島に暮らす少年・ケリィ。家にこもって不思議な研究をしている父の助手であり、大好きな女の子・シャーレイは「ケリィはどんな大人になりたいの」と尋ねた。これはケリィこと衛宮切嗣の原点の物語である。

切嗣が選んだ「正義」は、まるで天秤のように代わりに大切なものを奪い去った。島を出てナタリアのもとで「狩人」として生きていこうと決めた切嗣は、さまざまな戦いの渦中に身を投じることになる。

聖杯戦争は佳境に近づき、その影響は聖杯の守り手であるアイリスフィールの身体に影響を及ぼしつつあった。アイリスフィールのもとを去る切嗣は、かつて久宇舞弥と共に戦場に立っていた時のような非情な表情に戻る。

アイリスフィールを必ず連れ戻すと最期の約束を舞弥と交わしたセイバーは、アイリスフィールを連れ去ったというライダーを追ってV-MAXを走らせる。一方、切嗣はこの状況に疑問を抱き、別の角度からアイリを追う。

アイリスフィールの消息が掴めず憔悴し切ったセイバーは冬木市を探し回るが、切嗣はセイバーに見向きもしない。一方、戦う意義を得た綺礼は切嗣を待ち受ける。第四次聖杯戦争の最後の1日が訪れようとしていた。

綺礼が上げたのろしを合図に、覚悟を決めた者たちが続々と集結。ウェイバーと共に戦場に駆けつけたライダーの前には、アーチャーが立ちはだかった。英雄王と征服王。ついに、王者の戦いが始まる。

バーサーカーの正体、そして自身に向けられる憎しみを知ったセイバーは絶望に打ちひしがれる。戦意を喪失し、怨念に濡れた漆黒の剣を受け止めることしかできない。一方、綺礼と切嗣はついに真正面から対峙する。

「聖杯」の力を追い求めて、7人の魔術師マスターが英霊サーヴァントを召喚。最後の1人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇・聖杯戦争。その4度目の闘争がいよいよ終焉を迎える。切嗣の寿命もわずかとなり…。